1834
16. Februar Ernst Heinrich Philipp August Haeckel in Potsdam geboren: Getauft: protestant. Vater: Carl Gottlob Haeckel (1781–1871, Oberregierungsrat in Potsdam). Mutter: Charlotte Auguste Henriette Haeckel, geb. Sethe (1799–1889). Geschwister: Karl Heinrich Christoph Benjamin (1824–1897), Landgerichtsrat und Kreisgerichtsrat in Ziegenrück und Potsdam.

1835
Übersiedelung der Familie nach Merseburg.
14. September: Anna Auguste Friederike Sethe in Köln geboren (Cousine Ernst Haeckels). Vater: Christian Sethe (1798–1857, Provinzial-Steuer-Direktor in Stettin). Mutter: Wilhelmine Sethe, geb. Bölling (1800–1875).

1840
Aufnahme in die Bürgerschule Merseburg.

1841
Reise mit den Eltern Carl und Charlotte Haeckel nach Schlesien. Sturz aus dem Reisewagen mit Verletzung der linken Wade.

1842
September – Oktober: Aufenthalt im Hause der Tante Auguste Bleek, geb. Sethe (1802–1875) und des Onkels Friedrich Bleek (1793–1859, Prof. der protestant. Theologie in Bonn). Schulbesuch in Bonn. Die Pension ist wegen eines längeren Kuraufenthaltes des Vaters Carl Haeckel in Dürkheim notwendig.
26. Oktober: Agnes Therese Louise Caroline Huschke in Jena geboren. Vater: Emil Huschke (1797–1858, Professor der Anatomie und Physiologie in Jena), Mutter: Emma Huschke, geb. Rostosky (1809–1880).

1843
Ostern 1843 (bis Ostern 1852) im Dom-Gymnasium zu Merseburg. Freundschaft mit Victor Weber (1832–1861) und Ernst Weiß (1833–1890). Zeichenunterricht bei Oscar Naumann (1814–1885).

1845
Juli: Harz-Reise mit Karl Gude (1814–1898, Privatlehrer Haeckels in Merseburg) nach Hasserode bei Wernigerode.
Herbst: Reise nach Bonn und Heidelberg.

1849
5. April: Konfirmation im Dom zu Merseburg.
13.–21. Juli: Reise durch Thüringen (u. a. Naumburg, Jena, Eisenach, Weimar) in Begleitung von Lodewijk (Louis) Mulder (1822–1907, Großcousin Ernst Haeckels).

1851
13.–18. Juli: Botanische Wanderungen mit Victor Weber, dem Schulfreund (u. a. Kyffhäuser, Unstrut-Tal).
September: Übersiedelung der Eltern Carl und Charlotte Haeckel von Merseburg nach Berlin.
1. Oktober: Ernst Haeckel lebt in Pension bei Wilhelm Osterwald (1820–1887, Rektor am Domgymnasium zu Merseburg).

1852
12. März: Abitur am Domgymnasium zu Merseburg.
24. April: Aufnahme des Studiums der Medizin an der Universität Berlin, ab Wintersemester in Würzburg. Studiert bei Albert von Kölliker (1817–1905), Franz von Leydig (1821–1908) und Rudolf Virchow (1821–1902).
10. August – 22. September: Reise von Berlin nach Bad Teplitz mit der Mutter Charlotte Haeckel.

1853
Studium in Würzburg.
10. Juli 1853: erstes Zusammentreffen mit Carl Gegenbaur (1826–1903) im Guttenberger Wald bei Würzburg.
11.–17. August: Reise von Würzburg nach Bad Oeynhausen mit der Mutter Charlotte Haeckel.
September: Aufenthalt in Ziegenrück.

1854
26. April: Studium in Berlin bei Johannes Peter Müller (1801–1858).
17. August – 17. September: meereszoologische Exkursion nach Helgoland mit Johannes Peter Müller und Adolph de Valette St. George (1831–1910).

1855
März: Zeichen-Unterricht bei Johann Gottfried Brücke (1796–1873, Porträt- und biblischer Historienmaler) in Berlin (Karlsstr. 17).
Ostern: Studium in Würzburg.
1. August – 3. Oktober: Alpen-Italienreise von Würzburg aus (Salzburg, Tirol, Verona, Venedig, Mailand, Como, Engadin, Innsbruck, München).

1856
23. April: Assistent bei Rudolf Virchow.
Wintersemester: Studium in Berlin.
5. September – 1. November: meereszoologische Exkursion mit Albert von Kölliker nach Nizza.

1857
7. März: Promotion mit einer Arbeit über die Gewebe des Flusskrebses zum Dr. med. in Berlin.
Sommersemester: Studium in Wien.
Wintersemester: Studium in Berlin, Vorbereitung auf das medizinische Staatsexamen.

1858
17. März: medizinisches Staatsexamen an der Universität Berlin. Approbation als praktischer Arzt, Wundarzt und Geburtshelfer. Pro forma Eröffnung einer Arztpraxis in Berlin.
3. Mai: tête-à-tête Verlobung mit Anna Sethe.
28. April: Tod von Johannes Peter Müller.
August: Zeichen- und Aquarell-Malunterricht bei Eduard Biermann (1803–1903), Prof. für Landschaftszeichnung an der Bauakademie Berlin.
14. September: offizielle Bekanntgabe der Verlobung mit Anna Sethe.

1859–1860
Nach Vorabsprachen mit Carl Gegenbaur und Universitätskurator Moritz Seebeck (1805–1884) über eine akademische Laufbahn in Jena, ab Ende Januar 1859 Studienreise nach Italien (Sizilien). Aus dem Golf von Messina Beschreibung 144 neuer Radiolarienarten. Haeckel schließt auf Ischia Freundschaft mit dem Dichter und Maler Hermann Allmers (1821–1902) und will kurzzeitig seiner Neigung nachgeben, Landschaftsmaler zu werden.

1860
1. Mai: Rückkehr aus Italien.
Sommer: Haeckel liest in Berlin Darwins 1859 erschienenes Werk über den Ursprung der Arten in der ersten deutschen Übersetzung durch Heinrich Bronn (1800–1862).
17. September: Vortrag über Radiolarien auf der 35. Versammlung Deutscher Naturforscher und Aerzte in Königsberg.
30. November: Bewerbung um die Lehrstelle der Anatomie an der Königlichen Akademie der Künste zu Berlin (am 27. Dezember zurückgezogen).

1861
4. März: Habilitation an der Medizinischen Fakultät der Universität Jena, Privatdozent für das Fach vergleichende Anatomie.

1862
4. Juni: Ernennung zum außerordentlichen Professor der Zoologie an der Medizinischen Fakultät an der Universität Jena und Direktor des Großherzoglichen Zoologischen Museums Jena.
18. August: Heirat mit Anna Sethe, bis 23. September Hochzeitsreise (München, Oberbayern, Tirol, Zürich, Basel, Heidelberg, Rheintal). Die kurze Ehe bleibt kinderlos.
13. Oktober: Erscheinen von Die Radiolarien (Rhizopoda radiaria). Eine Monographie, mit einem Atlas (zwei Bände).
Im Winterhalbjahr 1862/63 Vorlesung über „Darwins Theorie“ (vor 25 eingeschriebenen Hörern).

1863
1.–5. August: Besuch des dritten Deutschen Turnfestes in Leipzig.
19. September: Vortrag „Über die Entwickelungstheorie Darwins“ auf der 38. Versammlung Deutscher Naturforscher und Aerzte in Stettin.
20. Dezember: Mitglied der Leopoldina.

1864
16. Februar: 30. Geburtstag –Tod der Ehefrau Anna Haeckel, geb. Sethe – Verleihung der goldenen Cothenius-Medaille (für die Radiolarien-Monographie von 1862) durch die Leopoldina an Ernst Haeckel.
März – Mai: Forschungsreise nach Villafranca und Nizza (Medusen).
16. Juli: Ernennung zum Mitglied der Gesellschaft für Mineralogie, Geologie und Petrefactologie Jena.
16. August – 20. September: Reise in die Schweiz.

1865
Dr. phil. an der Universität Jena mit einer Arbeit über die Ordnung der Rhizopoden (Wurzelfüßer).
9. Mai: Ernennung zum ordentlichen Professor der Zoologie in der Philosophischen Fakultät der Universität Jena (neu geschaffenes Ordinariat).
16. Mai: Ablehnung des am 10. Mai ergangenen Rufes nach Würzburg.
14. Juli: Dr. phil. h. c. in Jena.
10. August – 22. Oktober: Exkursion nach Helgoland mit Anton Dohrn (1840–1909).
Im Winterhalbjahr 1865/66 Vorlesung über „Darwins Theorie“ (vor 120 eingeschriebenen Hörern).

1866
7. November: Erscheinen von Generelle Morphologie der Organismen (zwei Bände, 1906 im Auszug wiederaufgelegt).

1866–1867
Forschungsreise nach den Kanarischen Inseln mit Nikolai Nikolajewitsch Miklucho (1846–1888) und Hermann Fol (1845–1892), auf der Hinreise am 21. Oktober 1866 erstes Zusammentreffen mit Charles Darwin (1809–1882), Thomas Henry Huxley (1825–1895) und Charles Lyell (1797–1875) in Down.

1867
15. Juni: Verlobung mit Agnes Huschke.
20. August: Heirat mit Agnes Huschke, bis 23. September Hochzeitsreise (München, Oberbayern, Tirol, Innsbruck, Zürich, Heidelberg, Rheintal). Kinder: Walter Carl Emil Ernst (1868–1939, Landschaftsmaler und Verlagsmitarbeiter in Leipzig); Elisabeth Charlotte Emma (1871–1948, 1891 verh. mit Hans Meyer, 1858–1929, Verlagsbuchhändler, Geograph und Forschungsreisender in Leipzig); Emma Clara Julie Agnes (1873–1945).
November: öffentliche Vorlesung über Darwins Theorie vor 200 Hörern, Grundlage des Buches Natürliche Schöpfungsgeschichte.

1868
22. Januar: Vortrag in Jena (Rosensäle): „Die Besteigung des Pik von Teneriffa“.
August: Reise nach Tirol.
29. September: Geburt des Sohnes Walter (Taufe: 19. November).
6. Oktober: Erscheinen von Natürliche Schöpfungsgeschichte (zu Lebzeiten zehn Aufl.).
16. Dezember: korrespondierendes Mitglied der Naturforschenden Gesellschaft Danzig.

1869
27. Januar: Eintritt in die Philosophische Fakultät der Universität Jena.
31. Juli – 17. September: Forschungsreise nach Norwegen (Kalkschwämme).

1870
2. März: Vortrag in Jena (Rosensäle): „Das Leben in den größten Meerestiefen“.
28. Juni: korrespondierendes Mitglied der Akademie der Wissenschaften München.
22. Dezember: Ruf nach Wien (abgelehnt).
5. September – 6. Oktober: Herbstreise an den Rhein mit Besichtigung der Schlachtfelder von Frœschwiller-Wœrth (Wörth) und Wissembourg (Weißenburg) im Elsass.

1871
10. Januar: Geburt der Tochter Elisabeth (Taufe: 23. Februar).
2. März – 27. April: Forschungsreise nach Triest, Dalmatien und Montenegro (Kalkschwämme) mit Oscar Hertwig (1849–1922) und Richard Hertwig (1850–1937).
17.–21. August: Reise durch Thüringen mit Hermann Allmers.
1. Oktober: Tod des Vaters Carl Haeckel.
Dekan der Philosophischen Fakultät der Universität Jena.
20. Oktober: Druckbeginn Monographie der Kalkschwämme (drei Bände; mit Formulierung der „Gasträatheorie“).
18. November: Ernennung zum Mitglied der Akademie der Naturforscher in Moskau.

1872
28. Januar: Ruf nach Straßburg (abgelehnt); 6. Februar Fackelzug der Studenten.
Erneuter Ruf nach Wien (abgelehnt).
29. Juli – 3. August: Teilnahme an den Feierlichkeiten zum 400. Jubiläum der Universität München.
nach 18. August: Erscheinen von Monographie der Kalkschwämme (drei Bände), darin erste Formulierung des „biogenetischen Grundgesetzes“, dem zufolge die Entwicklung eines Individuums (Ontogenese) die Stadien der Entwicklung seiner Gattung (Phylogenese) rekapituliert.
[1872–1876 britische Challenger-Expedition, an deren Dokumentation Haeckel in den Folgejahren beteiligt ist.]

1873
2. März – 4. Mai: erste Orientreise (Ägypten, Türkei, Griechenland) mit Studium der Korallenriffe bei El Tor (Sinai). Haeckel lernt den Landschaftsmaler Ernst Koerner (1846–1927) kennen.
August: Reise in die Schweiz.
6. Oktober: Geburt der Tochter Emma (Taufe: 9. Dezember).

1874
Ostern in Potsdam.
8. Juli: Berufung nach Bonn (abgelehnt).
nach 13. Juli: Erscheinen von Anthropogenie oder Entwickelungsgeschichte des Menschen (zwei Aufl. 1874, zu Lebzeiten insgesamt fünf Aufl., die späteren in zwei Bänden).
September: Herbstreise nach Österreich (u. a. Salzburg, Goisern) mit Agnes Haeckel.
29. September: Abschluss des Manuskripts von: „Die Gastraeatheorie, die phylogenetische Classification des Thierreichs und die Homologie der Keimblätter“ (Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft 8/ NF 1, 1874, S. 1–55).

1875
12. März – 19. April: Forschungsreise nach Korsika mit Oscar und Richard Hertwig.
29. August – 23. September: Reise in die Schweiz.
Dezember: Erscheinen von Ziele und Wege der heutigen Entwickelungsgeschichte.
21. bzw. 27. Dezember: Erscheinen von Arabische Korallen.

1876
12. Januar: Vortrag in Jena (Rosensäle): „Das Leben der kleinsten Urtiere“.
10.–27. März: Vortragsreise durch Deutschland (Frankfurt a. M., Wiesbaden, Mainz, Saarbrücken, Heidelberg, Baden-Baden, Köln, Düsseldorf, Dortmund, Potsdam).
1. April (Sommersemester): Prorektor der Universität Jena.
31. August – 1. Oktober: Reise nach Schottland zur Versammlung Britischer Naturforscher (Challenger-Exposition Glasgow). Ende September zweiter Besuch bei Darwin.

1877
Februar – April: Forschungsreise nach Korfu.
4. Juni 1877 korrespondierendes Mitglied der Socieda Geografica Lissabon.
18. September: Vortrag über „Die heutige Entwickelungslehre im Verhältnis zur Gesammtwissenschaft“ auf der 50. Versammlung Deutscher Naturforscher und Aerzte in München.
22. September: Gegenrede von Rudolf Virchow (unter Abwesenheit Haeckels) über „Die Freiheit der Wissenschaft im modernen Staat.“

1878
Januar: korrespondierendes Mitglied der Sociedad Zoológica Argentina, Buenos Aires.
Februar – April: Vortragsreise durch Deutschland und Österreich (u. a. Leipzig, Chemnitz, Mannheim, Köln, Elberfeld, Mainz, Wien, Triest).
Nach 24. Juni: Erscheinen von Freie Wissenschaft und freie Lehre. Eine Entgegnung auf Rudolf Virchow’s Münchener Rede.
8.–10. Juli: Vertreter der Universität Jena beim 25. Regierungsjubiläum von Großherzog Carl Alexander von Sachsen-Weimar-Eisenach (1818–1901).
20. August – 30. September: Forschungsreise nach Paris und der Bretagne (Medusen), mit Besuch des 7. Kongresses der Association française pour l’avancement des sciences in Paris am 22. August.
21. August: Ernennung zum auswärtigen Mitglied der British Association for the Advancement of Science, London.

1879
10. Januar: korrespondierendes Mitglied des Gabinete Português de Leitura de Pernambuco.
3. August – 14. September: Forschungsreise nach Schottland (Plankton), 5.–6. September dritter Besuch bei Darwin.

1880
Juni – Oktober (Sommersemester): Dekan der Philosophischen Fakultät der Universität Jena.
August – September: Reise ins Berner Oberland mit Agnes Haeckel.
Ende Oktober: Durchsetzung von Oscar Hertwig (seit 1878 außerordentlicher Professor) als ordentlicher Professor für menschliche Anatomie an der medizinischen Fakultät der Universität Jena (Amtsantritt 1881).

1881–1882
Oktober – April: Forschungsreise nach Indien und Ceylon (Sri Lanka). Erste Tropenreise.

1882
19. April: Tod von Charles Darwin.
1.–4. August 1882: Teilnehmer an den Feiern zum 300. Jubiläum der Universität Würzburg.
10.–18. August: Besuch bei Bartholomäus von Carneri auf Schloss Wildhaus bei Marburg an der Drau (Maribor).
September: Vortrag über „Die Naturanschauung von Darwin, Goethe und Lamarck“ auf der 55. Versammlung Deutscher Naturforscher und Aerzte in Eisenach.

1882–1883
Neubau des Zoologischen Instituts der Universität Jena.
Bau des eigenen Wohnhauses „Villa Haeckel“ („Villa Medusa“) in Jena (Berggasse 7).
15. Dezember: Ernennung zum auswärtigen Mitglied der Akademie der Wissenschaften Stockholm.

1883
Juli–August: Reise nach Tirol (Dolomiten).
3. September: Umzug der Sammlungen in das neue Zoologische Institut der Universität Jena.
14. September: Einzug in die „Villa Medusa“.

1884
24. Januar: korrespondierendes Mitglied des Reale Istituto Lombardo di Scienze e Lettere.
16. Februar: 50. Geburtstag.
17. April: Verleihung der Ehrendoktorwürde (Dr. iur. h. c.) der Universität Edinburgh.
3. Mai: Einweihung des neuen Zoologischen Instituts der Universität Jena.
August–September: Reise nach Schwaben (u. a. Tübingen), Thuner See und Interlaken.
1. Oktober (Wintersemester 1884/1885): Prorektor der Universität Jena.

1885
29. März: Konfirmation des Sohnes Walter Haeckel in Gera.
14.–18. April: Aufenthalt in Baden-Baden.
1.–20. August: Familienreise nach München und Tirol.
16. Oktober: Ernennung zum Mitglied der American Philosophical Society Philadelphia.

1886
April–Mai: Einrichtung der Ritter-Professur für Phylogenie an der Universität Jena. Stifter: Paul von Ritter (1825–1915), Schweizer Mäzen.
August: Teilnahme am 500. Jubiläum der Universität Heidelberg, anschließend Rheinreise mit dem Sohn Walter Haeckel, danach Reise in die Ostschweiz (Engadin).

1887
12. Februar – 1. Mai: zweite Orientreise (Palästina, Syrien, Rhodos).
Anfang September: Abbruch einer Erholungsreise in Frankfurt a. M. wegen Schleimbeutelentzündung des linken Knies.
Herbst: Arbeit am Challenger-Report (Radiolarien, Siphonophoren).
Dezember: Kuraufenthalt in Baden-Baden.

1888
29. Januar: Vortrag in Jena (Theatersaal) über die zweite Orientreise (1887).
Arbeit am Challenger-Report (Siphonophoren).
12.August – 21. September: Familienreise nach Tirol.

1889
12. Februar: Tod der Mutter Charlotte Haeckel.
7. März: Abschluss der Arbeiten an den Challenger-Reports.
8. März – 27. April: Reise nach Elba und Rom.
7.–28. September: Kuraufenthalt in Baden-Baden.
29. September – 12. Oktober: Reise nach Lugano.

1890
12. Februar – 28. April: Forschungsreise nach Algerien.
20. Mai: korrespondierendes Mitglied der Mittelschweizerischen Geographisch-Commerciellen Gesellschaft, Aarau.
18. August – 19. September: Familienreise in die Schweiz.
15. Oktober: Verleihung der Goldenen Swammerdam-Medaille der Gesellschaft für Natur- und Heilkunde in Amsterdam.
28. Oktober: korrespondierendes Mitglied der Academy of Natural Sciences Philadelphia.

1891
15. Juli: Ernennung zum auswärtigen Mitglied der Akademie der Wissenschaften München.
1.–28. September: Kuraufenthalt in Baden-Baden.

1892
31. März – 31. April: Reise an die Riviera Ponente mit Agnes Haeckel.
9. April: korrespondierendes Mitglied der Senckenberg Naturforschenden Gesellschaft in Frankfurt a. M.
30.–31. Juli: Empfang Otto von Bismarcks (1815–1898) in Jena.
20. August: Feier der Silbernen Hochzeit in Kissingen.
27. August – 10. September: Forschungsreise (Plankton) in die Hebridische See auf dem britischen Forschungsschiff „Medusa“, Leitung: John Murray (1841–1914).
9. Oktober: Vortrag anlässlich des 75. Jubiläums der Naturforschenden Gesellschaft des Osterlandes in Altenburg: „Der Monismus als Band zwischen Religion und Wissenschaft“.

1893
16.–22. Februar: Reise nach Italien (Rom, Neapel, Sizilien) mit Agnes Haeckel.
Juni: Beleidigungsklage des Zoologen und ehemaligen Jenaer Assistenten Otto Hamann (1847–1925) contra Haeckel.
7.–28. August: Kuraufenthalt in Bad Gastein.

1894
11. Januar: korrespondierendes Mitglied der Natuurkundige Vereeniging in Nederlandsch-Indie, Batavia (Jakarta).
16. Februar: 60. Geburtstag.
24. Mai: Verleihung der goldenen Linné-Medaille der Linnean Society (London).
26.–30. August: Besuch bei Arnold Lang (1855–1914) in Zürich.
August – September: Reise ins Tessin.
Einrichtung einer Haeckel-Professur für Geologie und Paläontologie an der Universität Jena (gestiftet durch Paul von Ritter).
Nach 18. Oktober: Erscheinen von Systematische Phylogenie (drei Teile 1894, 1895, 1896).

1895
21. Juli: Bruch des linken Fußgelenkes auf einer Wanderung bei Jena.
1.–31. Oktober: Kuraufenthalt in Baden-Baden.

1896
18. August – 16. September: Reise nach Vorarlberg über Gernsbach (zur Feier des 70. Geburtstages von Carl Gegenbaur, 21. August).

1897
1. Februar – 14. April: Forschungsreise nach Sizilien mit Leonhard Schultze (1872‒1955).
7. August – 2. Oktober: Forschungsreise durch Südfinnland bzw. Russland anlässlich der Teilnahme am 7. Internationalen Geologenkongress in St. Petersburg (Moskau, Kaukasus, Tiflis, Odessa, Kiew, Warschau).
10. November: Tod des Bruders Karl Haeckel.
15. Dezember: Ernennung zum Associé der Académie Royale Belgique des Sciences et Arts.

1898
15. März: Beginn des Briefwechsels und der Beziehung mit Frida von Uslar-Gleichen (1864–1903).
4. August – 1. September: Reise nach Großbritannien.
25. August: Ehrendoktorwürde der Universität Cambridge (Doctor of Science).
26. August: Vortrag auf dem 4. Internationalen Zoologenkongress in Cambridge „Ueber unsere gegenwärtige Kenntniss vom Ursprung des Menschen“.
26. Dezember: korrespondierendes Mitglied, Istituto Veneto di Scienze, Lettere ed Arti

1899
4. März: Erscheinen der ersten Lieferung (von insgesamt elf bis 1904) von Kunstformen der Natur.
11. April: korrespondierendes Mitglied des Institut National Genevois, Genf.
Sommer: Beginn der Liebesbeziehung mit Frida von Uslar-Gleichen.
12. August –25. Oktober: Reise nach Savoyen, Korsika und Rom.
12. September: Erscheinen von Die Welträthsel (zu Lebzeiten zehn Aufl. in über 400 000 Exemplaren, es erschienen Übersetzungen in mehr als 30 Sprachen).
10. Oktober: Prellung des rechten Knies und der rechten Hüfte bei einem Reitunfall im Sabiner Gebirge. Anschließend acht Tage im Deutschen Krankenhaus in Rom.
28. Dezember: Ernennung zum auswärtigen Mitglied der Accademia dei Lincei (Rom).
Verleihung der Darwin-Medaille der Royal Society London.
Auswärtiges Mitglied der Akademie der Wissenschaften in Turin.

1900
6. Januar: Verleihung des Bressa-Preises der Akademie der Wissenschaften Turin für das Werk Systematische Phylogenie.

1900–1901
August – April: Forschungsreise nach Ceylon, Singapur, Java und Sumatra. Zweite Tropenreise.

1901
6.–25. Oktober: Reise nach München, Zürich und Sonthofen, u. a. zur Hochzeit des Sohnes Walter Haeckel (8. Oktober in München).
28. Oktober: Erscheinen von Aus Insulinde. Malayische Reisebriefe (zu Lebzeiten zwei Aufl.).

1902
15. September: Tod von Rudolf Virchow.
4. August – 15. September: Reise in die Eifel und die Vogesen.

1903
29. Mai – 8. Juni: Reise nach Wien und dem Semmering.
14. Juni: Tod von Carl Gegenbaur.
13. Dezember: Freitod von Frida von Uslar-Gleichen.

1904
16. Februar: 70. Geburtstag (verbracht in Rapallo).
5. Juni: korrespondierendes Mitglied der Reale Accademia di Belle Arti di San Fernando Madrid.
1.–10. August: Reise ins Fichtelgebirge.
20. August: Erscheinen von Die Lebenswunder (14 000 Exemplare bis 1905).
20.–22. September: Teilnahme am Internationalen Freidenkerkongress in Rom. Haeckel wird am 22. zum „Gegenpapst“ ausgerufen.

1905
14., 16. und 19. April: drei Vorträge in Berlin (Sing-Akademie) „Der Kampf um den Entwickelungs-Gedanken“: Der Kampf um die Schöpfung (Abstammungslehre und Kirchenglaube); Der Kampf um den Stammbaum (Affenverwandtschaft und Wirbeltierstamm); Der Kampf um die Seele (Unsterblichkeit und Gottesbegriff).
24. Juni: Erscheinen von Ernst Haeckel’s Wanderbilder (drei Serien).

1906
11. Januar: Gründung des „Deutschen Monistenbundes“ in Jena, Zoologisches Institut der Universität.
Die Kernberg-Gesellschaft zu Jena benennt einen Aussichtspunkt oberhalb von Wöllnitz mit dem Namen „Ernst-Haeckel-Höhe“.
18. August – 13. September: Kuraufenthalt in Bad Wildungen mit Agnes Haeckel.
30. September – 5. Oktober: Reise in den Harz (Wernigerode, Brocken).

1907
7. März: Goldenes Doktorjubiläum; Ernennung zum Wirklichen Geheimrat und Exzellenz.
28. März – 26. April: Reise an die Riviera Levante.
18. Mai – 2. Juni: Reise nach Schweden zur 200. Gedenkfeier für Carl Linné in Uppsala.
24. Mai: Ehrendoktorwürde (Dr. med. jubil.) der Universität Uppsala.
17. Juni: Vortrag in Jena (Volkshaus): „Das Menschenproblem und die Herrentiere von Linné“, mit Begleitausstellung und großer öffentlicher Anteilnahme.
August: Kuraufenthalt in Bad Wildungen.
28. August: Grundsteinlegung für den Bau eines Museums für Abstammungslehre (Phyletisches Museum).
18. September: korrespondierendes Mitglied der Academia Nacional de Medicina, Caracas.
Herbst: Reise nach Bad Elster mit Agnes Haeckel.

1908
31. Juli: Einweihung und Übergabe des mit Hilfe von Spendengeldern und den Honorarerträgen der Welträthsel (30.000 Mark) errichteten Gebäudes des Phyletischen Museums an die Universität Jena zur Feier ihres 350. Jubiläums.

1909
12. Februar: Vortrag zur „Darwin-Haeckel-Feier“ im Volkshaus Jena: „Das Weltbild von Darwin und Lamarck“, mit großer öffentlicher Resonanz.
1. April: Rücktritt vom Lehramt. Nachfolger: Ludwig Plate (1862–1937).
9. Juli: Ehrendoktorwürde der Universität Genf.
1.–25. September: Reise in das Berner Oberland.
Ernennung zum Mitglied der Akademie der Wissenschaften zu Bologna.

1910
24. März – 7. Mai: Reise nach Monaco zur Eröffnung des Ozeanographischen Museums.
Nach 10. November: Erscheinen von Sandalion. Eine offene Antwort auf die Fälschungsanklagen der Jesuiten.
25. November: Austritt aus der protestantischen Landeskirche (nach gesetzlich vorgeschriebener „Belehrung über die Wichtigkeit des Schrittes“ durch die kirchliche Behörde am 21. November).

1911
24. März: Ernennung zum Mitglied der Akademie der Wissenschaften in Christiania (Oslo).
20. April: Sturz von der Leiter in der Bibliothek der „Villa Medusa“, Oberschenkelhalsbruch im linken Hüftgelenk.
8.–11. September: Erster Internationaler Monistenkongress in Hamburg unter Vorsitz von Wilhelm Ostwald (1843–1932). Eine Abordnung besucht vom 12.–13. September Jena.
17. September – 17. Oktober: Kuraufenthalt in Baden-Baden.

1914
Nach 12. Februar: Erscheinen von Gott-Natur (Theophysis). Studien über die Monistische Religion.
16. Februar: 80. Geburtstag.
17. September: Erscheinen von Englands Blutschuld am Weltkriege.
4. Oktober: Unterzeichner des Aufrufs der „Vertreter deutscher Wissenschaft und Kunst“ „An die Kulturwelt“ (Manifest der 93).
24. Oktober: Namentlich aufgeführt unter der „Erklärung der Hochschullehrer des Deutschen Reiches“.

1915
21. April: Tod der Ehefrau Agnes Haeckel, geb. Huschke.
28. Dezember: Erscheinen von Ewigkeit. Weltkriegsgedanken über Leben und Tod, Religion und Entwicklungslehre.

1917
Nach 18. September: Erscheinen von Kristallseelen. Studien über das anorganische Leben.

1918
Kauf der „Villa Medusa“ durch die Carl-Zeiss-Stiftung.
24. Dezember: Enthüllung einer Gedenktafel für Haeckel am Geburtshaus in Potsdam (Am Kanal 24a).

1919
5. August: Sturz in der Wohnung mit Bruch des linken Armes.
9. August: Tod von Ernst Haeckel.

1920
31. Oktober: Eröffnung des Ernst-Haeckel-Memorial-Museums in der „Villa Medusa“ unter Leitung von Heinrich Schmidt (1874–1935).