Das Archiv des Ernst-Haeckel-Hauses🔗 beherbergt den nahezu kompletten persönlichen und wissenschaftlichen Nachlass Haeckels. Dazu gehören neben Korrespondenzstücken auch Manuskripte, Vorlesungsexzerpte, Zeichnungen, Aquarelle, Visitenkarten und Lebenszeugnisse aller Art. Daneben gibt es eine umfangreiche Porträt- und ethnographische Fotosammlung, Zeitungsausschnitte der von Haeckel beauftragten Pressebüros mit weltweiten Artikeln von und über Haeckel und Rezensionen seiner Werke, wie auch zahlreiche Dokumente zur Entwickelungsgeschichte und zum Zeitgeschehen. Für den Bestand der überlieferten Korrespondenz plante Haeckel selbst noch zu Lebzeiten verschiedene Editionen und sammelte und ordnete zu diesem Zweck systematisch seinen Briefnachlass, der alphabetisch-chronologisch, zum Teil aber auch thematisch sortiert und wie beispielsweise im Fall der Amtskorrespondenz in Form von Konvoluten überliefert ist. Auch hatte er bereits zu Lebzeiten an alle Familienmitglieder verfügt, seine Briefe aufzubewahren und ihm zu übergeben. Aus diesen Gründen bilden die im Ernst-Haeckel-Archiv verwahrten Briefe an Ernst Haeckel ein nahezu geschlossenes Korpus mit ca. 39.365 Korrespondenzstücken. Daneben sind aktuell ca. 7.170 Briefe von Ernst Haeckel überliefert. Den Rest bilden Korrespondenzstücke aus dem Umfeld Haeckels sowie Briefe mit bislang ungeklärter Zuordnung (Stand 13.9.2023).

Die ersten Bemühungen, den Briefnachlass Haeckels zu komplettieren, gehen bereits auf Haeckels Sohn und Nachlassverwalter, Walter Haeckel (1868-1939), und seinen letzten Assistenten und späteren Kustos des Ernst-Haeckel-Hauses, Heinrich Schmidt (1874-1935), zurück. Das Gros der Briefe von Haeckel liegt aufgrund seiner internationalen Rezeption global verstreut und wird fortlaufend eingeworben.