Der Zuschnitt der gedruckten Bände ist von den unterschiedlichen sozialen Rollen Haeckels aus gedacht. Die vollständige Online- und die gedruckte Auswahl-Edition dokumentieren diese Rollen. Die Auswahledition ist so konzipiert, dass sie fünf zentralen Querschnitten Rechnung trägt, die durch Haeckels intellektuelle Biographie geführt werden können und ihn zeigen als:

− Wissenschaftler (Wissenschaftskorrespondenz)
− Amtsperson (Amtskorrespondenz)
− Publizist (Verlagskorrespondenz)
− Protegé, Weggefährte und Protektor (Korrespondenz mit Freunden und Förderern)
− Künstler, Anreger für künstlerische Werke und Verbreiter einer Weltanschauung (Korrespondenz zu Weltanschauung, Kunst und Literatur)

Die Abteilung Familienkorrespondenz stellt dabei ein herausragendes Spezifikum der Ernst-Haeckel-Auswahledition dar, weil sie diachron in Haeckels Leben und intellektuelle Biographie einführt und damit die Basis für die fünf ergo- und biographischen Querschnitte legt, auf denen die weitere gedruckte Edition aufbaut.

Die detaillierten Auswahlkriterien können hier abgerufen werden: Auswahlkriterien_Printedition.pdf🔗